Los proyectos estratégicos hacen referencia a nuevas necesidades de salud detectadas en la población. La vacunación, el proyecto estratégico para la prevención de la soledad no deseada, que incluye el proyecto de prevención del duelo complicado, los programas marco como desigualdades sociales en salud, que aporta al resto de programas las herramientas metodológicas necesarias para lograr la equidad en salud y la aplicación del universalismo proporcional, la promoción de la salud mental que contribuye facilitando al resto de programas las claves para impulsar y mantener hábitos saludables, el programa de alimentación y actividad física y salud, el de prevención del tabaquismo, la salud sexual y reproductiva o los de materno infantil, ámbito educativo y envejecimiento activo y saludable.
Los programas marco son las áreas de trabajo que se organizan para el abordaje de los problemas y oportunidades de salud consideradas tradicionalmente prioritarias.