El APPCC fue desarrollado inicialmente en USA en los primeros programas espaciales como un sistema de control de la seguridad microbiológica. En aquel momento la mayoría de los sistemas de seguridad alimentaria y de control de la calidad se basaban en el análisis de producto final, sistema que no podía garantizar que los productos fueran seguros. En su lugar se buscaba un sistema preventivo que proporcionase un alto nivel de garantías sobre la seguridad de los alimentos; de este modo nació el APPCC.

La compañía Pillsbury conjuntamente con la NASA y los laboratorios de la armada estadounidense fueron los pioneros en su desarrollo. Se basó en un sistema de ingeniería llamado Análisis Modal de Fallos y Efectos (AMFE), que analiza lo que puede ir mal en cada etapa de una operación junto con sus posibles causas y el efecto que producen. Después de este análisis se ponen en acción mecanismos de control eficaces que aseguren que los fallos potenciales no tengan lugar.

La técnica del APPCC es, en sí misma, un sistema de control lógico y directo, basado en la prevención de los problemas, es decir en la utilización del sentido común para gestionar la seguridad de los alimentos. No obstante también se puede aplicar a fallos potenciales relativos a los criterios de calidad comercial (peso, vida útil, presentación, características organolépticas,…), así como a las prácticas de producción de los alimentos.

En un principio, la FDA (Food and Drug Administration) insistió en impulsar la aplicación del sistema APPCC en la industria alimentaria norteamericana, aunque no con demasiado éxito.

Será a mediados de los 80 cuando distintas instituciones como la OMS, la ICMSF (International Comisión on Microbiological Specifications for Foods) la NAS (National Academy of Sciences) y el NACMCF (US National Advisory Committee on Microbiological Criteria for Foods) impulsaron su aplicación.

Concretamente en el año 1988, el NACMCF actualizó el sistema APPCC, y el ICMSF, que tiene entre sus principales objetivos mejorar la seguridad microbiológica de los alimentos en el comercio internacional, promocionó la aplicación del sistema en las industrias alimentarias.

Será 20 años después a su primera presentación, en el I Congreso Internacional de Seguridad Alimentaria ( USA, Denver Colorado), cuando el sistema experimente un gran impulso con la publicación casi simultánea de las directrices para su aplicación por el NACMCF y el Comité de Higiene de los Alimentos del Codex Alimentarius.

En el año 1993, la Comisión del Codex Alimentarius adoptó las directrices para la aplicación del sistema, al incorporarse como anexo al Código de principios Generales de Higiene de los Alimentos. Estas directrices fueron revisadas posteriormente (año 1997) por la propia Comisión del Codex incluyendo los principios en los que se asienta el sistema y la secuencia lógica de su aplicación que en la actualidad siguen vigentes tras su última revisión en julio de 2003.

El reconocimiento por parte de los gobiernos de que el APPCC es el modo más eficaz de gestionar la seguridad de los alimentos, aumenta en todo el mundo.

En la actualidad la normativa comunitaria obliga a los operadores de las empresas alimentarias a tener implantado un sistema APPCC, que garantice la seguridad de los productos que comercializa.

Los consumidores esperan que un alimento sea seguro y la industria alimentaria tiene la responsabilidad de cumplir con esa expectativa.