La Unión Europea ha sido pionera en la incorporación en su ordenamiento jurídico de la aplicación de los sistemas de autocontrol basados en el sistema APPCC.

Para conseguir una aproximación coordinada de todos los Estados miembros en la aplicación del sistema APPCC, se desarrolló el proyecto FLAIR (Food Linked Agro-Industrial Research Programme), cuyos principales resultados se plasmaron en un glosario de términos, una base de datos de unos 250 documentos y una guía del usuario del sistema APPCC publicada en el año 1994.

Las industrias de la pesca fueron el primer sector alimentario en el que en 1991, se introdujo de forma obligatoria el sistemas APPCC para continuar posteriormente con los productos cárnicos, leche y productos lácteos en1992.

En el año 1993, con la aparición de la Directiva 93/43 CEE del Consejo, de 14 de junio, sobre normas de higiene relativas a los productos alimenticios se amplia la aplicación de sistemas de autocontrol a todas las empresas del sector alimentario, con la excepción del sector primario.

Uno de los aspectos a destacar contemplados en esta Directiva; en su artículo 5, es que los Estados miembros fomentarán la elaboración de Guías de Prácticas Correctas de Higiene (GPCH), posibilitando su utilización voluntaria por las empresas alimentarias, como medio que contribuya a garantizar la higiene de los alimentos y la eficacia de los sistemas de autocontrol.

Los países con mayor número de Guías son: Italia (79), España (29) y Holanda (21). Existen 5 Guías preparadas por asociaciones de ámbito europeo, que abordan los sectores de: catering, agua mineral, envases alimentarios y comercio.

La Comisión Europea, en el año 1996, basándose en las Directivas 89/397/CEE y 93/99/CEE, visitó a los Estados miembros para la evaluación de los sistemas nacionales de control oficial de los alimentos. Dentro de los objetivos se encontraba la evaluación de la aplicación de los sistemas de autocontrol basados en el sistema APPCC. Las principales conclusiones fueron las siguientes:

La aplicación del sistema APPCC por las empresas alimentarias, sigue acusando un retraso que debe subsanarse con carácter prioritario .
La formación de los inspectores oficiales en materia del sistema APPCC es un asunto prioritario en los países miembros.
La transposición tardía de la Directiva 93/99CEE en varios Estados Miembros explica en cierto modo el retraso en la aplicación del sistema APPCC en las industrias alimentarias.
La implantación del sistema APPCC está más avanzada en las grandes empresas y con frecuencia, en algunos sectores de la restauración colectiva y de la gran distribución.
La elaboración de Guías de Prácticas Correctas de Higiene, progresa en mayor o menor medida en toda la Unión Europea.
Las autoridades de control oficial no parece que incluyan acciones sancionadoras contra las empresas alimentarias que no aplican el sistema APPCC. Es el caso de Francia, en donde la ausencia de implantación no implica sanción.

Desde finales de los años 90, se ha ido avanzando en la implantación de los sistemas de autocontrol, constatándose que las grandes empresas europeas no tienen demasiadas dificultades en hacerlo y, sin embargo, las pequeñas y medianas empresas tienen muchas, hecho que se recoge con la publicación, en abril de 2004, de una serie de Reglamentos conocidos comúnmente como Paquete de Higiene , que en el mes de enero de 2006 entraron en vigor, y son de obligado cumplimiento en toda la Unión Europea.

Tanto el Paquete de Higiene como el Documento de Orientación sobre la implementación de procedimientos basados en los principios del APPCC y sobre como facilitar la implementación de los principios del APPCC en determinadas empresas alimentarias (2005), abogan por conferir flexibilidad a la hora de aplicar los principios APPCC en los sistemas de autocontrol, que necesariamente deben aplicar las empresas del sector, siempre que se garantice eficazmente la seguridad de los productos que se elaboran.